O Património Botânico do Santuário foi gravemente afetado pelo incêndio florestal de 15 de outubro de 2017 que queimou grande parte das árvores existentes no chamado jardim. Para que se possa perceber a dimensão dos estragos indicam-se as espécies de árvores existentes antes do incêndio e o aspeto com que ficou após a recuperação efetuada, graças à atribuição do Prémio Vivalva pela Fundação Calouste Gulbenkian.
Ver Percurso Botânico existente antes do incêndio